L'histoire débute durant la Cosmic Era 71. Une guerre opposant ZAFT (Zodiac Alliance of Freedom Treaty) et l'Alliance Terrestre provoqua l'élèment le plus tragique que l'humanité ai jamais connu: le Bloody Valentine. C'est à dire l'explosion nucléaire d'une colonie spatiale qui causa énormément de mort aussi bien du côté de ZAFT que de l'Alliance Terrestre...
Les tensions entre les deux camps ne font qu'empiré. Cette guerre oppose en fait les Naturals et les Coordinators. Les Naturals sont des humains normaux, alors que les Coordinators sont une race crée par des manipulations génétiques sur des embriyons humains. Grâce à cette manipulation le nouveau né pourra exploiter au mieux ses capacitées intelectuelles et physiques. La guerre débuta suite à l'assassinat de l'un de ces Coordinators par des Naturals. Ces derniers décidèrent alors de se venger, et le conflits commença.
Gundam Seed commence à Héliopolis, qui est une colonie spatiale neutre. On y rencontre Kira Yamato et ses amis qui sont de jeunes étudiants. Ils vivaient tranquillement jusqu'au jour où ZAFT attaqua cette colonie. L'Alliance avait développé en secret de nouvelles armures mobiles nommées: GUNDAM. Ils sont d'une grande puissance et sont les seuls à pouvoir résister aux MS (Mobile Suit) de ZAFT. Au cours de cette attaque, Kira Yamato se trouve emmené dans un hangar avec à l'intérieur deux Gundams et il y retrouva son ami d'enfance, Assuran ZALA, aux côtés de ZAFT. Kira se retrouve très vite embarqué dans le Gundam Strike par Mariyu Ramiasu, capitaine dans l'armée Terrienne. Asuran, quand à lui, prend possession de l'Aegis.